由于女性身体中雌激素水平较高，雌激素会影响肝内结合胆红素的形成；雌激素还影响胆囊排空，引起胆汁淤滞，容易形成结石。绝经后用雌激素者，胆总管结石发病率增多，故胆总管结石患者中女性占多数。
肝硬化患者胆总管结石的发生率明显高于正常人，这与肝硬化患者身体中对雌激素灭活功能降低，雌激素水平较高，以及又有慢性溶血、胆囊收缩功能低下、胆囊排空不畅、胆道静脉曲张、血中胆红素升高等多种因素有关。
感染蛔虫病者，蛔虫逆流至胆道产卵或死亡后，就会成为结石核心，更容易生形成结石。
与肥胖及不健康饮食有关。体重超过正常标准15%者，胆总管结石的发病率比正常人高5倍。肥胖者大多脂肪和胆固醇摄入过多，加之肥胖者大多活动少，易生胆总管结石。饮食偏荤喜甜者，其脂肪和胆固醇摄入多，易形成胆固醇结石；甜食过多又促进胰岛素分泌，会加速胆固醇沉积；经常不吃早餐会使胆酸含量减少，胆汁浓缩，利于结石形成。
