1、会形成胆汁性梗硬变与门脉高压症。弥漫性肝内胆管结石可逐步导致胆汁性肝硬化，并进一步引起门脉高压症。
2、会形成急性化脓性胆囊炎。肝胆管结石并发急性梗阻化脓性胆管炎时，不论结石梗阻在哪个部位，都会出现毒血症和感染性休克，并导致肝、肾、肺、心等多脏器功能衰竭。
3、会形成肝脓肿及支气管瘘。由于反复发作的急性梗阻性化脓性胆管炎的基础上可形成肝脓肿，其临床症状与急性化脓性胆管炎相似，当脓肿穿破至肺，则形成支气管瘘，临床表现为咳嗽咳脓。
4、会形成肝胆管狭窄。肝胆管结石常导致胆管壁反复的炎症损伤及修复，最终使胆管纤维化性狭窄。
5、会形成胆道出血。当反复的炎症侵蚀导致胆管与相邻血管相通时可发生胆道出血，临床表现为周期性消化道出血、腹痛、发热等。​​​​